РЕГУЛЯЦИЯ АКТИВНОСТИ ТРАНСКРИПЦИОННОГО ФАКТОРА NRF2 ПОСРЕДСТВОМ ДЕАЦЕТИЛИРОВАНИЯ, ИНДУЦИРОВАННОГО SIRT1: ВОЗМОЖНАЯ ПЕТЛЯ ОБРАТНОЙ СВЯЗИ SIRT1–NRF2

А. П. Гуреев^1,2, Е. П. Крутских^1,*

¹ Воронежский государственный университет, Воронеж, 394018 Россия; e-mail: kru751@rambler.ru
² Воронежский государственный университет инженерных технологий, Воронеж, 394036 Россия

 

NRF2 является одним из ключевых компонентов, обеспечивающих защиту клеток от повреждений. Его активность связана с другими сигнальными путями, которые могут оказывать на него как прямое, так и косвенное воздействие. К ним относятся белки, которые могут влиять на его активность посредством ацетилирования и деацетилирования, такие как p300/CBP, HDACs. Однако исследования разных научных групп иногда противоречат друг другу. С одной стороны, имеются данные, свидетельствующие о том, что ацетилирование повышает активность NRF2, в то время как деацетилирование снижает его активность. С другой стороны, некоторые результаты демонстрируют, что активация деацетилазы SIRT1 увеличивает посттрансляционную активность NRF2. В то же время сам NRF2 может влиять на экспрессию SIRT1, образуя петлю положительной обратной связи. В этом обзоре рассматриваются различные аспекты взаимодействия между активностью фактора транскрипции NRF2 и ацетилазами/деацетилазами, в первую очередь SIRT1. Кроме того, рассматриваются варианты непрямого взаимодействия между NRF2 и SIRT1 через другие сигнальные пути, связанные с PGC-1α и p62.

DOI: DOI: 10.31857/S0016675825020017
EDN: UWMMTV

Translated version (Russ J Genet. Volume 61, issue 2, 2025):
Gureev, A.P., Krutskikh, E.P.
Regulation of the NRF2 Transcription Factor Activity by SIRT1-Induced Deacetylation: A Possible SIRT1–NRF2 Feedback Loop.
DOI: 10.1134/S1022795424701485

 

 

ЦИТОГЕНЕТИЧЕСКИЕ ЭФФЕКТЫ В КУЛЬТУРАХ ЛИМФОЦИТОВ ЧЕЛОВЕКА, ЭКСПОНИРОВАННЫХ ГЕРБИЦИДОМ ПАРАКВАТОМ

Н. С. Кузьмина^{1, 2, *}, К. Г. Орджоникидзе^{1, 3}, Н. Ш. Лаптева¹, И. Н. Когарко², В. В. Петушкова², С. К. Абилев¹, А. В. Рубанович¹

¹ Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук, Москва, 119991 Россия; e-mail: nin-kuzmin@yandex.ru
² Федеральный исследовательский центр химической физики им. Н.Н. Семенова Российской академии наук, Москва, 119991 Россия
³ Институт проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова Российской академии наук, Москва, 119991 Россия

 

Проведены эксперименты по кратковременному (один час) тестирующему воздействию гербицида параквата – сильнейшего индуктора окислительного стресса на культивируемые клетки крови (поздняя G1-стадия первого митоза, 4 х 10^–8 моль/л) девяти здоровых доноров. В 60-часовых (краткосрочных) и в 120-часовых (долгосрочных) культурах лимфоцитов, подвергшихся воздействию параквата in vitro, средние частоты аберрантных клеток составили, соответственно 4.05 ± 0.55 и 9.42 ± 1.23%, что существенно превышает соответствующие контрольные уровни: 1.16 ± 0.30 и 1.70 ± 0.50% (р = 0.008 и 0.018, соответственно). Наблюдаемые генотоксические эффекты обусловлены в первую очередь индукцией этим оксидантом простых аберраций хроматидного типа (одиночные фрагменты), уровни которых составили 3.32 ± 0.40 и 8.92 ± 1.40 на 100 клеток при кратковременном и длительном культивировании лимфоцитов, соответственно (против 1.03 ± 0.34 и 1.56 ± 0.38 на 100 клеток в соответствующем контроле). В клеточных культурах обоих типов частоты парных хромосомных фрагментов также значимо (или на уровне тенденции) превышали таковые показатели в контроле (р = 0.046 и 0.068 для 60- и 120-часовых культур, соответственно). Различий между 60- и 120-часовыми неэкспонированными культурами клеток по уровню аберрантных клеток и аберраций хромосом всех типов не выявлено. Напротив, долгосрочные культуры лимфоцитов, подвергшиеся воздействию параквата, демонстрируют значимо повышенный уровень аберрантных метафаз и одиночных хроматидных фрагментов по сравнению с краткосрочными экспонированными культурами (р = 0.001). Показано, что долгосрочные эффекты характеризовались более высокими индивидуальными значениями показателя омега Коэна (w) – от 0.157 до 0.259 по сравнению с таковыми для 60-часовых культур – от 0.057 до 0.153. Полученные данные свидетельствуют об индукции геномной нестабильности в отдаленных потомках лимфоцитов человека, подвергшихся в начале культивирования кратковременному воздействию параквата, и ее индивидуальном характере.

DOI: DOI: 10.31857/S0016675825020021
EDN: UWBNIC

Translated version (Russ J Genet. Volume 61, issue 2, 2025):
Kuzmina, N.S., Ordzhonikidze, K.G., Lapteva, N.S. et al.
Cytogenetic Effects in Cultures of Human Lymphocytes Exposed to the Herbicide Paraquat.
DOI: 10.1134/S1022795424701503

 

 

РЕПАРАТИВНАЯ СБОРКА ХРОМАТИНА ИГРАЕТ ВАЖНУЮ РОЛЬ В СТАБИЛЬНОСТИ ГЕНОМА

И. И. Скобелева¹, Т. А. Евстюхина^{1, 2}, Е. А. Алексеева^{1, 2, *}, А. В. Торощина¹, В. Т. Пешехонов^{1, 2}, Д. В. Федоров¹, В. Г. Королев^{1, 2}

¹ Петербургский институт ядерной физики им. Б.П. Константинова Национального исследовательского центра “Курчатовский институт”, Ленинградская область, Гатчина, 188300 Россия; *e-mail: alekseeva_ea@pnpi.nrcki.ru
² Курчатовский геномный центр – ПИЯФ, Ленинградская область, Гатчина, 188300 Россия

 

При завершении репарации ДНК важную роль играют процессы, связанные с восстановлением нормальной структуры хроматина. Некорректная сборка хроматина может привести к геномным перестройкам, которые, в свою очередь, могут быть причиной развития многих болезней, включая рак. Ранее мы обнаружили, что нарушения правильности сборки нуклеосом и их ремодулирования в процессе репаративной сборки хроматина приводят к повышенному уровню мутагенеза. В настоящей работе мы показали, что мутация asf1Δ имеет конститутивно гиперактивированную киназу Rad53, что служит причиной дезорганизации структуры хроматина и значительно изменяет спектр спонтанных репаративных мутаций. Нарушение сайта связывания адаптерного белка Rad9 с ДНК в результате инактивации гена DOT1 нивелирует hif1Δ-специфический мутагенез, который является следствием некорректной репаративной сборки нуклеосом. Отсутствие белка Rad9 при нормальных условиях роста и при обработке низкими дозами УФ-лучей приводит к аберрантной активации комплекса RNR. При этом дальнейшее увеличение дозы УФ-облучения практически не влияет на экспрессию RNR3. Эти результаты подтверждают, что корректная сборка хроматина критична для нормального функционирования генома.

DOI: DOI: 10.31857/S0016675825020032
EDN: UVVFZD

Translated version (Russ J Genet. Volume 61, issue 2, 2025):
Skobeleva, I.I., Evstyukhina, T.A., Alekseeva, E.A. et al.
Reparative Chromatin Assembly Plays an Important Role in Genome Stability.
DOI: 10.1134/S1022795424701515

 

 

СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ КИШЕЧНЫХ МЕТАГЕНОМОВ ПАЦИЕНТОВ С ДЕПРЕССИЕЙ ПО СИГНАТУРНЫМ ГЕНАМ Faecalibacterium prausnitzii НА ШТАММОВОМ УРОВНЕ

О. В. Аверина*, А. С. Ковтун, В. Н. Даниленко

Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук, Москва, 119991 Россия; e-mail: olgavr06@mail.ru

 

С использованием двух различных методических подходов, биоинформатического и количественного ПЦР-анализа, был проведен сравнительный анализ кишечных метагеномов пациентов с депрессией и здоровых добровольцев по представленности сигнатурных бактериальных генов, кодирующих ключевые ферменты для продукции метаболитов, биомаркерных для депрессии, комплементарных генам из геномов комменсальной бактерии Faecalibacterium prausnitzii. С использованием in silico подхода была выявлена штаммовая специфичность этих биомаркерных генов, проведена их кластеризация на группы и исследовано распространение представителей различных групп в 36 метагеномах пациентов с депрессией и 38 здоровых добровольцев. К ряду генов из наиболее распространенных групп были подобраны праймеры, с использованием которых был проведен количественный ПЦР-анализ 15 метагеномов от пациентов с депрессией и 15 метагеномов от здоровых добровольцев. Сравнительный анализ полученных данных выявил статистически значимое снижение уровня представленности генов, кодирующих глутаматсинтазу GltB, аспарагинсинтетазу AsnA, серин-гидроксиметилтрансферазу в кишечных метагеномах пациентов с депрессией. На основе полученных данных можно рекомендовать эти гены как биомаркеры для разработки тест-систем для диагностики клинической депрессии по кишечному микробиому.

DOI: 10.31857/S0016675825020043
EDN: UVNIPJ

Translated version (Russ J Genet. Volume 61, issue 2, 2025):
Averina, O.V., Kovtun, A.S., Danilenko, V.N.
Comparative Analysis of Gut Metagenomes of Patients with Depression by Signature Genes of Faecalibacterium prausnitzii at the Strain Level
DOI: 10.1134/S1022795424701527

 

 

ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ИЗМЕНЧИВОСТЬ И ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ПОПУЛЯЦИЙ СОСНЫ КЕДРОВОЙ СИБИРСКОЙ (Pinus sibirica Du Tour) В ПРЕДУРАЛЬЕ И НА УРАЛЕ

Е. А. Петрова^{1, *}, М. М. Белоконь^{2, **}, Ю. С. Белоконь², Е. А. Мудрик², О. Е. Валуйских³, С. Н. Горошкевич¹, Д. В. Политов²

¹ Институт мониторинга климатических и экологических систем Сибирского отделения Российской академии наук, Томск, 634055 Россия; e-mail: e_ a_petrova@mail.ru
² Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук, Москва, 119991 Россия; e-mail: belokon@vigg.ru
³ Институт биологии Коми научного центра Уральского отделения Российской академии наук, Сыктывкар, 167982 Россия

 

С помощью анализа аллозимных генотипов взрослых растений изучена генетическая изменчивость сосны кедровой сибирской, Pinus sibirica Du Tour, в западной части ареала. Установлено, что предуральские и уральские популяции обладают сходными паттернами генетической изменчивости и объединяются в две близкие группы, отличающиеся от популяции из Западной Сибири. Параметры внутрипопуляционного разнообразия изученных выборок в западной части ареала оказались ниже, чем в центральной, согласно ранее полученным данным. Клинальный характер изменчивости по некоторым аллозимным локусам, по-видимому, может отражать процессы расселения вида в северо-западном направлении из уральского рефугиума и быть результатом адаптации популяций к климатическим условиям Предуралья и Урала. Современная динамика ареала P. sibirica обусловлена антропогенным влиянием и климатическими изменениями, которые вызывают фрагментацию западной границы распространения вида и могут приводить к исчезновению отдельных островных популяций.

DOI: DOI: 10.31857/S0016675825020054
EDN: UVNGSM

Translated version (Russ J Genet. Volume 61, issue 2, 2025):
Petrova, E.A., Belokon, M.M., Belokon, Y.S. et al.
Genetic Diversity and Differentiation of Siberian Stone Pine (Pinus sibirica Du Tour) Populations from the Cis-Urals and Urals.
DOI: 10.1134/S1022795424701539

 

 

ИЗМЕНЕНИЕ СОДЕРЖАНИЯ АСКОРБАТА И ПРОФИЛЯ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ ЕГО МЕТАБОЛИЗМА В ЛИСТЬЯХ ЧЕСНОКА Allium sativum L. В ОТВЕТ НА ХОЛОДОВОЙ СТРЕСС

Т. М. Середин^{1, 2}, А. В. Щенникова¹, Е. З. Кочиева¹, М. А. Филюшин^{1, *}

¹ Институт биоинженерии, Федеральный исследовательский центр “Фундаментальные основы биотехнологии” Российской академии наук, Москва, 119071 Россия; e-mail: michel7753@mail.ru
² Федеральный научный центр овощеводства, Московская обл., п. ВНИИССОК, 143080 Россия

 

У двух озимых сортов чеснока (Allium sativum L.) определена экспрессия генов ключевых ферментов L-галактозного пути биосинтеза аскорбата (АК) (VTC2, GPP, GalDH, GalLDH) и генов восстановления АК из окисленных форм (MDHAR1, MDHAR4, MDHAR5) в динамике (0, 2, 4, 6 и 24 ч) кратковременного (24 ч) воздействия холодового (2°С) стресса. Обнаружено, что в листовой ткани обоих сортов (Сармат и Дубковский) уровень транскриптов VTC2 стабильно растет в процессе стрессового воздействия. Сорта также сходны по экспрессионному ответу на стресс генов GalLDH и MDHAR1, но различаются по реакции генов GPP, GalDH, MDHAR4 и MDHAR5. В листовой ткани обоих сортов в динамике холодового стресса определено содержание АК, каротиноидов (сумма) и хлорофиллов (a и b). Показано, что количество всех анализируемых метаболитов исходно выше у сорта Сармат, чем у сорта Дубковский, и изменяется в динамике стресса сортоспецифичным образом. Для обоих сортов показана положительная корреляция между количеством АК и уровнем экспрессии гена GalDH.

DOI: 10.31857/S0016675825020065
EDN: UVKEGO

Translated version (Russ J Genet. Volume 61, issue 2, 2025):
Seredin, T.M., Shchennikova, A.V., Kochieva, E.Z. et al.
Changes in Ascorbate Content and the Expression Pattern of Ascorbate Metabolism Genes in Garlic Allium sativum L. Leaves in Response to Cold Stress.
DOI: 10.1134/S1022795424701540

 

 

СТРУКТУРА STR-АЛЛЕЛОФОНДА ПОПУЛЯЦИИ БЫКОВ ХОЛМОГОРСКОЙ ПОРОДЫ БАНКА КРИОКОНСЕРВИРОВАННОГО СЕМЕНИ, СОХРАНЕННОГО В РЕСПУБЛИКЕ КОМИ

В. С. Матюков, А. С. Лейченко, Я. А. Жариков, С. В. Николаев

К аннотации статьи на русском языке: Генетика. 2025. Т. 61. № 1.

Translated version (Russ J Genet. Volume 61, issue 2, 2025):
Matyukov, V.S., Leichenko, A.S., Zharikov, Y.A. et al.
The Structure of STR Allele Pool of the Population of Kholmogory Bulls from Semen Cryobank Preserved in the Komi Republic
DOI: 10.1134/S1022795424701552

 

 

ВЗАИМОСВЯЗЬ ПОЛИМОРФИЗМА ГЕНОВ GH И LEP С КАЧЕСТВЕННЫМИ ХАРАКТЕРИСТИКАМИ МЯСА ОВЕЦ

А. В. Скокова*, Л. Н. Скорых, А. В. Суховеева, Е. Ю. Сафарян, Н. И. Ефимова

Северо-Кавказский федеральный научный аграрный центр, Михайловск, 356241 Россия; e-mail: antoninaskokova@mail.ru

 

Проведено секвенирование ДНК овец породы советский меринос для выявления однонуклеотидного полиморфизма в генах GH и LEP, связанных с качественными показателями мяса. На основании проведенного анализа в нуклеотидной последовательности гена GH в экзоне 5 обнаружена миссенс-мутация с.321С>Т, приводящая к замене аргинина на глицин; в гене LEP в экзоне 3 выявлена миссенс-мутация с.387G>Т, результатом которой является замена аминокислоты валин на лейцин. Установлены частоты встречаемости аллелей и генотипов в обнаруженных вариантах полиморфизма с.321С>Т гена GH и с.387G>Т гена LEP. Выявлена взаимосвязь между качественным составом мышечной ткани у овец и их генотипическими вариантами по обоим исследуемым генам. Мышечная ткань гетерозиготного генотипа по мутантным аллелям с.321Т гена GH и с.387Т гена LEP содержала больше протеина на 3.3 и 2.4%, но меньше влаги на 3.3 и 2.4%, чем у овец гомозиготного генотипа по диким аллелям с.321С гена GH и с.387G гена LEP. Исследования длиннейшего мускула спины овец породы советский меринос позволили выявить большее количество мышечных волокон у носителей мутантных аллелей с.321Т гена GH и с.387Т гена LEP на 4.7 и 7.6%, но меньший диаметр мышечного волокна на 8.9 и 5.0% в сравнении с мышечными клетками овец, гомозиготных по диким аллелям с.321С гена GH и с.387G гена LEP . Общая оценка “мраморности” мышечной ткани у овец гетерозиготных генотипов по мутантным аллелям с.321Т гена GH и с.387Т гена LEP выше на 2.3 и 1.5 балла, чем у гомозигот по референсным аллелям с.321С гена GH и с.387G гена LEP . Полученные результаты позволяют рассматривать полиморфизм с.321С>Т в гене GH и полиморфизм с.387G>Т в гене LEP как генетические маркеры для оценки и улучшения качественных показателей мяса овец.

DOI: 10.31857/S0016675825020076
EDN: UVGWCM

Translated version (Russ J Genet. Volume 61, issue 2, 2025):
Skokova, A.V., Skorykh, L.N., Sukhoveeva, A.V. et al.
The Relationship of GH and LEP Gene Polymorphism with the Qualitative Characteristics of Mutton.
DOI: 10.1134/S1022795424701564

 

 

АНАЛИЗ ВЗАИМОСВЯЗЕЙ ЭКСПРЕССИОННЫХ ИЗМЕНЕНИЙ микроРНК miR-767, miR-335-3p И miR-106b-5p И МЕТАБОЛИТОВ МОЛОКА И СЫВОРОТКИ КРОВИ КОЗ (Capra hircus)

М. В. Позовникова*, В. Б. Лейбова

Всероссийский научно-исследовательский институт генетики и разведения сельскохозяйственных животных – филиал Федерального исследовательского центра животноводства – ВИЖ им. академика Л. К. Эрнста, Санкт-Петербург, пос. Тярлево, 196625 Россия; e-mail: pozovnikova@gmail.com

 

В представленной работе охарактеризован профиль экспрессии микроРНК miR-767, miR-335-3p и miR-106b-5p в пробах молока и сыворотки крови коз с первой по 23-ю недели лактации с учетом динамики некоторых белковых и липидных метаболитов молока и крови. Экспрессия микроРНК в молоке была ассоциирована с некоторыми изменениями анализируемых метаболитов. MiR-767 положительно коррелировала с молочным белком, казеином, жирными кислотами (C18:0, СЦЖК и МНЖК). Для miR-335-3p была установлена отрицательная связь с содержанием общего холестерина и триглицеридов крови, но положительная с содержанием молочного жира и СЦЖК, КЦЖК, ТЖК и НЖК, в том числе С14:0, С16:0 и С18:0. Экспрессия miR-106b-5p показала однонаправленную связь с общим холестерином крови. Среди всех трех анализируемых микроРНК сыворотки крови только экспрессия miR-106b-5p была положительно ассоциирована с содержанием молочного белка, казеина, ДЦЖК и МНЖК. Высокий прогностический эффект (R² > 0.800, p < 0.001) предполагает значимую роль микроРНК, синтезируемых молочной железой (miR-767 и miR-335-3p), для белково-жировых компонентов молока, и miR-106b-5p, циркулирующей в крови, для молочного белка и казеина. Результаты нашего исследования позволяют предположить, что повышение уровня экспрессии miR-767, miR-335-3p в молоке и miR-106b-5p в сыворотке крови приводит к активации транскрипции и трансляции их генов-мишеней, что фенотипически выражается в увеличении значений ряда белково-жировых компонентов молока коз. Изучение роли микроРНК в регуляции лактации является перспективным направлением современной молекулярной биологии, которое имеет большой потенциал для повышения эффективности молочного производства, улучшения качества продукции и в программах разработки прогностических биомаркеров.

DOI: 10.31857/S0016675825020087
EDN: UVGAZS

Translated version (Russ J Genet. Volume 61, issue 2, 2025):
Pozovnikova, M.V., Leibova, V.B.
Analysis of the Associations between the miR-767, miR-335-3p, and miR-106b-5p microRNA Expression Patterns and Milk and Serum Metabolites in Goat (Capra hircus).
DOI: 10.1134/S1022795424701576

 

 

ПЕРВОЕ ОБНАРУЖЕНИЕ ГЕНА toxb2 В ШТАММАХ Pyrenophora tritici-repentis ИЗ РОССИИ И КАЗАХСТАНА

Н. В. Мироненко*, А. В. Орина, Н. М. Коваленко

Всероссийский научно-исследовательский институт защиты растений, Санкт-Петербург, Пушкин, 196608 Россия; e-mail: nina2601mir@mail.ru

 

Для 18 штаммов аскомицетного гриба Pyrenophora tritici-repentis – возбудителя желтой пятнистости пшеницы – была определена расовая принадлежность и идентифицированы toxb-гены. Анализируемые штаммы были отнесены преимущественно к расе 4, непатогенной для мягкой пшеницы. Сравнение нуклеотидных последовательностей гена toxb одного штамма P. tritici-repentis из Казахстана и пяти штаммов гриба из Татарстана с референсными последовательностями генов ToxB1, toxb2, ToxB4, toxb12 и toxb14 позволило точно идентифицировать исследуемые гены как toxb2. Это первое обнаружение гена toxb2 в популяциях P. tritici-repentis из России и Казахстана. Также были продемонстрированы различия между последовательностями ToxB1 и toxb2 в области ORF: 27 нуклеотидных замен и одна делеция 3 пн у ToxB1. В нетранслируемой 5’UTR-области всех полученных последовательностей toxb2, как и в последовательностях ToxB1, между TATA-боксом и интроном выявлено присутствие четырех микросателлитов размером 25 пн. У исследуемых штаммов в 5’UTR-области toxb2 перед интроном обнаружена инсерция 167 пн, такая же, как у референсной последовательности гена toxb2 штамма P. tritici-repentis SD20, которая отсутствует во всех известных последовательностях ToxB1, и, вероятно, влияет на функциональность гена. Накопление информации о структуре гена toxb2 имеет значение для понимания эволюции ToxB/toxb-генов гриба P. tritici-repentis.

DOI: 10.31857/S0016675825020098
EDN: UVAHML

Translated version (Russ J Genet. Volume 61, issue 2, 2025):
Mironenko, N.V., Orina, A.S., Kovalenko, N.M.
First Detection of the toxb2 Gene in Pyrenophora tritici-repentis Strains from Russia and Kazakhstan.
DOI: 10.1134/S1022795424701606

 

 

ГЕНЫ β-actin И 36B4 У МЯГКОГО КОРАЛЛА Sclerophytum heterospiculatum (Verseveldt, 1970)

Е. T. Бизикашвили*, Е. В. Шамшурина, Т. В. Сикорская

Национальный научный центр морской биологии им. А.В. Жирмунского Дальневосточного отделения Российской академии наук, Владивосток, 690041 Россия; e-mail: bilielena801@gmail.com

 

Коралловые полипы являются объектом для различных исследований, в том числе в области молекулярной биологии. На данный момент большое внимание уделяется молекулярным исследованиям кораллов подкласса Hexacorallia. Для этой цели мы установили и охарактеризовали последовательности генов β-actin и 36B4 из мягкого коралла Sclerophytum heterospiculatum (Verseveldt, 1970). Гены 36B4 и β-actin необходимы для нормального функционирования клеток, отличаются высокой консервативностью между таксонами, что подтверждается филогенетическим деревом, полученным в этой работе.

DOI: 10.31857/S0016675825020101
EDN: UUZOWT

Translated version (Russ J Genet. Volume 61, issue 2, 2025):
Bizikashvili, E.T., Shamshurina, E.V., Sikorskaya, T.V.
The β-Actin and 36B4 Genes in the Soft Coral Sclerophytum heterospiculatum (Verseveldt, 1970).
DOI: 10.1134/S1022795424701618

 

 

 

 

Статьи, опубликованные только в Russian J. of Genetics, № 2 – 2025 г.

Associations between STAT5A Gene Polymorphisms and Some Milk Production Traits in Dairy Cows: A Systematic Review and Meta-Analysis

Z. Motmain, K. Ekinci, E. Saygili, M. Ozdemir

Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Ataturk University, 25240, Erzurum, Turkey
Correspondence to K. Ekinci

 

The current study aimed to investigate and compare STAT5A/AvaI gene polymorphisms and their relationship with milk production traits including milk yield, fat, and protein contents by meta-analysis. A total of 11 studies from 2008 to 2023 were included in the comprehensive search. Three co-dominant models (CT vs. CC), (CT vs. TT) and (CC vs. TT) were used to analyze data. The standardized mean difference (SMD) was used to measure the size effects. 95% confidence intervals were calculated using random/fixed effect models. Heterogeneity among studies and statistical stability of overall estimates were assessed using I² tests by Stata 11.2 software. The association analysis found higher heterogeneity among the studies indicating higher genetic variability. In the results, a significant association was found between the additive model (CT vs. CC) and protein content (P < 0.05). No significant associations were found between STAT5A/AvaI gene polymorphisms with lactation milk yield and fat content. It was concluded that STAT5A gene polymorphisms in dairy cattle breeds could be used as good markers for protein improvement. Several studies reported by the authors contradicted this study. Therefore more investigation should be done to determine the polymorphism of the STAT5A gene and its effect on milk yield and fat content in dairy cattle.

DOI: 10.1134/S1022795424701497
К статье на сайте SpringerLink

 

 

Genetic Analysis of the Endangered Caspian Seal Population (Pusa caspica Gmelin, 1788), Using Microsatellite Markers

A. Khazaee^1,2, A. Sayad Shirazi^1,2, S. M. Ghasempouri^1,2

¹ Faculty of Natural Resources and Marine Sciences, Tarbiat Modares University, Noor, Iran
² Caspian Seal Rehabilitation and Research Centre, Ashooradeh Island, Golestan, Iran
Correspondence to S. M. Ghasempouri

 

The Caspian seal (Pusa caspica) is the endangered endemic mammals in a closed sea and smallest earless seal. There is a great concern for Caspian seal future regarding the sharp decline of this species over the last decades. To the best of our knowledge, there is not any study that used microsatellite markers to evaluate the genetic diversity and population differentiation of the Caspian seal. In this study, genetic diversity and population structure of the Caspian seals was examined using 20 polymorphic microsatellites to investigate population genetic parameters in a long distance of the southern coast of the Caspian Sea. The mean of expected and observed heterozygosities were 0.89 and 0.87, respectively which are indicating high genetic diversity for this species. Our results showed that the inbreeding index is very low. Despite the result of STRUCTURE outputs, and DAPC analysis, there isn’t compelling evidence that Caspian seals could maintain demographically separate units, which would be necessary to give rise to genetic population structure. The longest migration route for seals from the ice breeding area is for the western population. Migration patterns in previous research may confirm this relative separation, but further research is needed to prove the fact. Based on the results, there was not any evidence of bottleneck for the East population. In conclusion, the results of this study provide helpful information for the management and effective conservation of Caspian seals. Also, it is suggesting to investigate carefully about life cycles and migration patterns of the West population.

DOI: 10.1134/S1022795424701588
К статье на сайте SpringerLink

 

 

STR Genotyping of Arabs Residence in Russia

M. M. T. Jaber¹, Mohammed M. Al-Zubaidi², Majeed A. Sabbah², Ahmed A. Mhawesh³

¹ Department of Gene Bank, Forensic DNA Research and Training Center, Al-Nahrain University, Jadriya, Baghdad, Iraq
² Department Molecular Genetics and DNA Fingerprinting, Forensic DNA Research and Training Center, Al-Nahrain University, Jadriya, Baghdad, Iraq
³ Department of Medical and Molecular Biotechnology, College of Biotechnology, Al-Nahrain University, Jadriya, Baghdad, Iraq
Correspondence to Mohammed M. Al-Zubaidi

 

STR (Short tandem repeats) are usually used in forensic DNA technology applied in humen identification, paternity testing and population genetics analysis. The COrDIS EXPERT, includes 23 autosomal STRs, was used to analyze STR genotyping of the Arab subpopulation resident in Russia. Whole blood samples were withdrawn from 98 Arab individuals, and genomic DNA was extracted from each sample. The COrDIS EXPERT PCR Amplification Kit used to amplify and analyze the STR loci on the 3130xl Genetic Analyzer by Gene Mapper ID-X software. The combined match probability (CMP) for the autosomal STR loci was calculated to be (1.7291X1026), which is highly informative. The higher and lower discriminative power loci were D18S51 (0.963) and D5S818, respectively. In conclusion, this study indicates that the COrDIS EXPERT loci have a high utility in the Arab population resident in Russia, possibly used for establishment of a reference population database.

DOI: 10.1134/S102279542470159X
К статье на сайте SpringerLink

 

 

The Complete Mitochondrion Genome of Ecklonia maxima

Ch. Gao^1,2, Y. He², Ch. Qu^2,3, P. Wang¹, J. Miao^2,3

¹ College of Food Science and Engineering, Ocean University of China, 266400, Qingdao, China
² First Institute of Oceanography, Ministry of Natural Resources, 266061, Qingdao, China
³ Laboratory for Marine Drugs and Bioproducts of Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, 266071, Qingdao, China
Correspondence to P. Wang or J. Miao

 

Ecklonia maxima is a type of algae widely located along the South Africa with extensive biological value. It has been used to produce alginate, animal feed, nutritional supplements, and fertilizer. Mitochondrial genome is 37 561 bp in length and consists of a circular DNA molecule, with coding genes constituting approximately 76.91% of the total length. The circular genome is composed of 66 genes, including 38 protein coding genes, 25 tRNA genes, and 3 rRNA genes. The total content of G+C is 32.57%, lower than that of A+T. The mitochondrial genome sequence has 100% total coverage with an average of 938.76? base coverage, ranging from 19? to 1910?. E. maxima formed a monophyletic clade together with Ecklonia radiata, which provide a new reference point for phylogenetic and gene function studies in the family Lessoniaceae. In addition, Atp9, nad1 and cox3 exhibit functions in oxidative phosphorylation. This contributes to our ongoing exploration of the intricacies of genes linked to functional components.

DOI: 10.1134/S102279542470162X
К статье на сайте SpringerLink

 

 

Retraction Note: Source of Asymmetry in Ontogeny: Early Polarization of the Germline Cyst and Oocyte in Drosophila

O. B. Simonova, J. E. Vorontsova

Koltsov Institute of Developmental Biology, Russian Academy of Sciences, 119334, Moscow, Russia
Correspondence to O. B. Simonova

DOI: 10.1134/S1022795425020024
На сайт SpringerLink